Se vuoi un layout responsive innanzitutto devi pensarlo come tale. Successivamente devi lavorare con le percentuali nelle dimensioni che andrai a inserire nel CSS. Inoltre, come ti hanno suggerito, devi gestire la dimensione della finestra con lo javascript :
In modo tale che se è troppo piccola, cambi layout. Per semplificarti il lavoro potresti utilizzare il framework bootstrap che, a quanto pare, aiuti molto nella realizzazione di layout responsive. Io personalmente non l'ho mai usato perché ho sempre fatto tutto da me, ma se consulti la documentazione ti accorgi da solo che il framework è validissimo: