a parità di livello dei componenti (processore, ram, scheda grafica etc. ) Il fisso ha sicuramente meno problemi di espandibilità, permette di scegliere monitor grandi, ha la tastiera più pratica, di solito più uscite (USB firewire etc), ha memorie di massa più capienti, non ha il problema dell'effetto memoria della batteria, è meno costoso sostituire delle parti e costa meno del portatile.
Per contro il portatile è portatile ;-)
Quindi dipende molto dall'uso che se ne deve fare. Se si deve comprare un pc per tenerlo fermo in un posto, e non si hanno problemi di spazio, io consiglio il desktop.